Untuk menunjang pelaksanaan kegiatan belajar mengajar di MI Muhammadiyah Karanganyar tersedia fasilitas sebagai berikut:
Ruang kelas yang nyaman dan sangat memadai.
Ruang perpustakaan yang sangat representatif dan memiliki ribuan koleksi buku dan media belajar multimedia
Masjid sebagai tempat ibadah yang dapat menampung 500 siswa.
Laboratorium komputer yang dapat menunjang kegiatan belajar teknologi informasi dan komunikasi
Laboratorium matematika/IPA yang didukung dengan peralatan/kit matematika/IPA yang lengkap
Joglo serba guna yang sangat luas yang dapat digunakan untuk proses belajar mengajar maupun pengembangan diri peserta didik
Ruang kesenian lengkap dengan alat musik rebana dan karawitan
Ruang Usaha Kesehatan Sekolah (UKS) yang dikelola oleh seorang perawat professional.
Halaman yang cukup luas sebagai penunjang berbagai kegiatan belajar mengajar, pengembangan diri peserta didik dan juga parkir kendaraan orang tua murid.
Kebun madrasah yang luas untuk kebutuhan laboratorium dan kebun percobaan.
Toko “Al-Fath” yang menyediakan berbagai kebutuhan peserta didik seperti peralatan belajar dan foto copy
Armada antar jemput yang melayani antar jemput siswa sampai ke semua penjuru wilayah.
Pelayanan katering siswa dengan menu sehat bagi siswa.