MI Muhammadiyah Karanganyar berdiri sejak tahun 1974, tepatnya pada tanggal 1 Januari 1974 dengan Piagam Pendirian dari Kanwil Departemen Agama Propinsi Jawa Tengah dengan nama MADRASAH IBTIDAIYAH LATIHAN PGA 6 TAHUN dengan piagam Nomer. Lk/3.c/1223/Pgm.MI/1978. Kemudian berubah menjadi MADRASAH IBTIDAIYAH MUHAMMADIYAH KARANGANYAR dengan Piagam No. I.K/3.a/427/PGM/MI/1981, tertanggal 1 Juni 1981 yang ditanda tangani oleh Kepala Bidang Pendidikan Agama Islam Kanwil Depag Prov Jateng Drs. H. Moh Rifa’I sampai sekarang.
Para periode tahun 2013-2017, PDM Karanganyar memberikan amanah kepada Ibu Marjiyanti,S.Ag, M.Pd.I untuk memimpin MI Muhammadiyah Karanganyar. Selanjutnya banyak hal yang dilakukan oleh persyarikatan untuk memaksimalkan program pengembangan Madrasah ini. Pasang dan surut telah dialaminya, banyak usaha yang telah dilakukan, berbagai hambatan dan tantangan telah dilaluinya, semua ini telah dilaluinya dengan baik sehingga dapat menghantarkannya pada kondisi sebagaimana yang sekarang ini.
Keberadaan MI Muhammadiyah Karanganyar sebagai salah satu amal usaha Muhammadiyah disamping Amal Usaha-amal usaha yang lain. MI Muhammadiyah Karanganyar bukanlah merupakan produk warisan yang sudah matang dan tinggal menikmati, namun merupakan hasil perjuangan yang gigih, dan hasil kerja yang dilakukan persyarikatan dengan tenaga pendidiknya dilandasi dengan ikhlas, penuh dedikasi, tanggung jawab dan selalu menjunjung tinggi cita-cita persyarikatan.
Saat ini kehadiran Madrasah Ibtidaiyah Muhammadiyah (MIM) Karanganyar telah memberi citra positif terhadap perkembangan pendidikan Islam di Kabupaten Karanganyar. Kendati tanpa tambahan label Sekolah Unggulan atau sejenisnya, madrasah ini telah mampu menampakkan citranya sebagai lembaga pendidikan Islam yang mengutamakan kualitas.
Karena gambaran seperti itu sudah menjadi penilaian masyarakat khususnya warga Karanganyar, MI Muhammadiyah Karanganyar sebagai lembaga pendidikan dasar yang berciri khas Islam kini menjadi tujuan pertama para orang tua untuk kepentingan pendidikan putra-putrinya. Hal ini dapat dilihat dari jumlah peserta didik dari tahun ketahun yang terus meningkat. MI Muhammadiyah Karanganyar berada di pusat kota Karanganyar. Terletak di lingkungan pendidikan yang kondusif, lahan yang luas dan bangunan yang representative serta nyaman, MI Muhammadiyah Karanganyar merupakan madrasah yang sangat mendukung berjalannya pendidikan yang berkualitas. Puluhan prestasi di tingkat kabupaten, propinsi maupun nasional baik dalam bidang akademik maupun non akademik telah di raih MI Muhammadiyah Karanganyar.
MI Muhammadiyah Karanganyar sebagai lembaga pendidikan dasar dengan sarana pendukung yang lengkap selalu mengembangkan pola, arah dan peranan pendidikan yang diorganisasikan dalam enam pilar pendidikan yaitu: learning to know (belajar untuk mengetahui), learning to do (belajar untuk berbuat), learning to be (belajar membentuk jatidri), learning to live together (belajar untuk hidup bersama dan berdampingan), learning to learn dan learning to throught learn.
Proses pembelajaran yang dikembangkan MI Muhammadiyah Karanganyar bertujuan untuk dapat menstimulasi kapasitas kemampuan berfikir peserta didik dan mampu menghadirkan suasana pembelajaran untuk melayani perbedaan individu dalam hal intelegensi, minat maupun gaya belajar setiap siswa, maka dari itu MI Muhammadiyah Karanganyar dalam hal ini menggunakan metode pembelajaran yang berorientasi pada “multiple intelegences”.
“Multiple intelegences” sebagai filsafat pengajaran adalah konsep baru yang menyadari betapa pentingnya pengajaran multimodel. MI Muhammadiyah Karanganyar dalam hal ini merupakan inovator konsep tersebut sebagai aspek penting dalam proses belajar mengajar. “Multiple intelegences” tersebut adalah linguistic, logical mathematical, spatial, musical, bodily-kinesthetic, interpersonal, intrapersonal dan naturalist. Bersama MI Muhammadiyah Karanganyar siapkan generasi yang berilmu dan berpikir ilmiah, berakhlak mulia dan beramal sholeh serta beramar ma’ruf nahi mungkar.