Dalam rangka memberikan pendidikan kemandirian peserta didik serta meningkatkan ketaqwaan peserta didik dalam mengisi Ramadhan, MI Muhammadiyah Karanganyar melaksanakan kegiatan pesantren kilat ramadhan. Dalam kegiatan ini peserta didik menginap di sekolah selama 1 malam. Berbagai kegiatan dilaksanakan diantaranya adalah tadarus al-Quran, qiyamul lail, pentas seni islami, tadabur alam dan berbagi menu buka puasa di lingkungan sekitar madrasah.